第一步一般都是创建数据库，除非是使用第三方的数据库服务。当创建一个数据库的时候，会指定一个所有者来执行和新建语句。通常，只有所有者（或超级用户）才有权对数据库中的对象进行任意操作。如果想让其他用户使用，就必须赋予他们权限。
应用程序永远不要使用数据库所有者或超级用户帐号来连接数据库，因为这些帐号可以执行任意的操作，比如说修改数据库结构（例如删除一个表）或者清空整个数据库的内容。
应该为程序的每个方面创建不同的数据库帐号，并赋予对数据库对象的极有限的权限。仅分配给能完成其功能所需的权限，避免同一个用户可以完成另一个用户的事情。这样即使攻击者利用程序漏洞取得了数据库的访问权限，也最多只能做到和该程序一样的影响范围。
鼓励用户不要把所有的事务逻辑都用 web 应用程序（即用户的脚本）来实现。最好用视图（view）、触发器（trigger）或者规则（rule）在数据库层面完成。当系统升级的时候，需要为数据库开辟新的接口，这时就必须重做所有的数据库客户端。除此之外，触发器还可以透明和自动地处理字段，并在调试程序和跟踪事实时提供有用的信息。
把连接建立在 SSL 加密技术上可以增加客户端和服务器端通信的安全性，或者 SSH 也可以用于加密客户端和数据库之间的连接。如果使用了这些技术的话，攻击者要监视服务器的通信或者得到数据库的信息是很困难的。
SSL/SSH 能保护客户端和服务器端交换的数据，但 SSL/SSH 并不能保护数据库中已有的数据。SSL 只是一个加密网络数据流的协议。
如果攻击者取得了直接访问数据库的许可（绕过 web 服务器），敏感数据就可能暴露或者被滥用，除非数据库自己保护了这些信息。对数据库内的数据加密是减少这类风险的有效途径，但是只有很少的数据库提供这些加密功能。
对于这个问题，有一个简单的解决办法，就是创建自己的加密机制，然后把它用在 PHP 程序内。PHP 有几个扩展库可以完成这个工作，比如说 Mcrypt和 Mhash 等，它们包含多种加密运算法则。脚本在插入数据库之前先把数据加密，以后提取出来时再解密。有关加密如何工作的例子请参考相关手册。
对某些真正隐蔽的数据，如果不需要以明文的形式存在（即不用显示），可以考虑用散列算法。使用散列算法最常见的例子就是把密码经过 MD5 加密后的散列存进数据库来代替原来的明文密码。参见 crypt() 和 md5()。
很多 web 开发者没有注意到 SQL 查询是可以被篡改的，因而把 SQL 查询当作可信任的命令。殊不知道，SQL 查询可以绕开访问控制，从而绕过身份验证和权限检查。更有甚者，有可能通过 SQL 查询去运行主机操作系统级的命令。
直接 SQL 命令注入就是攻击者常用的一种创建或修改已有 SQL 语句的技术，从而达到取得隐藏数据，或覆盖关键的值，甚至执行数据库主机操作系统命令的目的。这是通过应用程序取得用户输入并与静态参数组合成 SQL 查询来实现的。下面将会给出一些真实的例子。
由于在缺乏对输入的数据进行验证，并且使用了超级用户或其它有权创建新用户的数据库帐号来连接，攻击者可以在数据库中新建一个超级用户。